Samopoczucie oraz zdrowie ryb i roślin są w dużej mierze uzależnione od jakości stosowanej wody. Wiadomo jest, że im skład wody w akwarium jest bardziej zbliżony do naturalnych warunków życia naszych ryb, tym korzystniej i łatwiej będzie przebiegała ich hodowla.
Biorąc pod uwagę powyższe wskaźniki wody łatwo domyśleć się, że woda wodociągowa nie jest zbyt korzystna dla naszych ryb akwariowych. Można zaryzykować nawet stwierdzenie, że im bardziej woda z kranu została uzdatniona, tym jest uboższa w substancje odżywcze, które dla ryb i roślin są niezbędne dla prawidłowego rozwoju. Dlatego taką wodę należy odpowiednio przygotować.
Zanim wodę wlejemy do akwarium należy ją odstać od kilkunastu godzin do doby - przyczyniają się do tego gazy uzdatniające, które są trujące dla ryb: chlor, fluor, itp. Oczywiście gazy te można neutralizować specjalnymi preparatami przeznaczonymi do tego celu, jak np. tiosiarczan sodu do neutralizacji chloru.
Coraz częściej woda wodociągowa uzdatniana jest chloroaminami (związki zawierające chlor i amoniak), które są bardziej kłopotliwe do zneutralizowania (zwłaszcza amoniak). W tym przypadku można zastosować m.in. filtrację przez węgiel aktywowany, filtrację biologiczną (tylko w przypadku zastosowania jednocześnie tiosiarczanu sodu) lub gotowe preparaty chemiczne.
Twardość wody, tą nietrwałą, można zneutralizować poprzez przegotowanie wody lub wymieszanie z wodą destylowaną (przy czym należy uwzględnić fakt, że woda destylowana pozbawiona jest wszelkich soli mineralnych). Tą trwałą neutralizujemy poprzez zastosowanie odpowiednich wymienników jonowych lub środków chemicznych dostępnych na rynku.
Jeżeli mamy wątpliwości, co do jakości przygotowanej wody, możemy przeprowadzić łatwy test biologiczny. Mianowicie po napełnieniu akwarium umieszczamy w nim rozwielitki na jedną dobę. Jeżeli przeżyją, woda jest odpowiednia dla ryb.
Napełniając zbiornik nie należy wlewać wody bezpośrednio na dno ani po szybie (strumień wody zepsuje uprzednio przygotowaną kompozycję naszego podłoża oraz może uszkodzić rośliny) – strumień wody najlepiej jest kierować na otwartą dłoń lub płaskie naczynie położone na podłożu.